La biodiversité englobe l’ensemble du monde vivant à trois niveaux : la diversité génétique, celle des espèces et celle des écosystèmes. Avec ses départements et territoires d’outre-mer, la France est présente dans quatre des océans mondiaux et son patrimoine naturel est riche en 2025 de 23 086 espèces endémiques. En France, les milieux agricoles font face à de nombreux enjeux environnementaux. Les surfaces cultivées diminuent, tandis que l’état des sols se détériore sous l’effet de l’érosion, de la baisse de la matière organique et de la pollution liés aux intrants chimiques. La biodiversité y est en fort déclin, notamment chez les oiseaux des champs.

La biodiversité en France
– État des connaissances en 2025

Des pressions humaines de plus en plus fortes sur la biodiversité

L’Homme utilise les ressources naturelles pour subvenir à ses besoins. Il dépend étroitement des écosystèmes naturels qui lui procurent nourriture, matériaux, énergie, régulent les réserves d’eau et le climat, et qui sont source de bien-être et d’activités touristiques. La pression subie par les écosystèmes est telle que beaucoup d’habitats naturels et d’espèces sont aujourd’hui en déclin.

Selon la quatrième évaluation des habitats naturels conduite au titre de la directive Habitats-faune-Flore, 16 % seulement des habitats d’intérêt communautaire présents en France métropolitaine sont dans un état de conservation favorable sur la période 2019-2024. Cette évaluation présente toutefois des disparités relativement fortes entre les territoires. Lors de la précédente évaluation, portant sur la période 2013-2018, 20 % des habitats d’intérêt communautaire étaient dans un état favorable. Entre 2019 et 2025, 43 % des évaluations des habitats d’intérêt communautaire présentent des tendances à la détérioration.

État de conservation des habitats d’intérêt communautaire par région biogéographique, en % sur la période 2019-2024

En 2024, 18 % des espèces évaluées dans la Liste rouge nationale sont éteintes ou menacées. En France métropolitaine, entre 1989 et 2024, l’indice évaluant l’état des populations d’oiseaux communs spécialistes (milieux agricoles, bâtis, forestiers) a chuté de 37 points tandis que celui évaluant l’état des espèces généralistes a augmenté de 6 points, traduisant un appauvrissement des communautés d’oiseaux. Entre 2006 et 2021, la population des chauves-souris les plus communes a diminué de 43 %. En outre-mer, le constat est similaire. Au cours des années les plus récentes, 31 % des sites fréquentés par les tortues marines ont vu leur activité de ponte diminuer.

Selon la quatrième évaluation des espèces d’intérêt communautaire, 24 % des espèces présentes dans l’Hexagone sont dans un état de conservation favorable sur la période 2019-2024, contre 28 % lors de la précédente évaluation portant sur la période 2013-2018. Entre 2019 et 2025, 37 % des évaluations des espèces d’intérêt communautaire présentent des évolutions défavorables.

Proportion d’espèces éteintes ou menacées dans la Liste rouge nationale en 2024 en %

Les pratiques agricoles intensives, de même que la déprise agricole et la fermeture des espaces ouverts, accentuent cette dynamique, au même titre que la fragmentation des habitats naturels, à savoir leur morcellement en entités disjointes.

Ainsi, entre 1990 et 2018, la diminution des surfaces des espaces naturels et semi-naturels qui passent de 66 % à 60 % du territoire, cumulée à l’extension des réseaux routiers et ferroviaires à grande circulation, a accentué le phénomène de fragmentation des espaces propices à la biodiversité.

Durant cette période, la taille effective de maille de la France métropolitaine (indicateur utilisé pour quantifier le niveau de fragmentation d’un territoire)est passée de 212 km² à 164 km². Certains territoires sont fortement fragmentés (littoraux, grands pôles urbains et territoires de grandes cultures), contrairement à d’autres territoires encore préservés comme les massifs montagneux.

La fragmentation des milieux naturels et semi-naturels s’est nettement accrue entre 1990 et 2000 avec la construction du réseau ferroviaire lié aux TGV et de nombreuses autoroutes. Depuis, même si la pression demeure (diminution en moyenne de la taille effective de maille de 2 km² tous les 6 ans), le niveau de fragmentation du territoire métropolitain semble avoir atteint un palier, notamment pour certaines régions (Île-de-France, Pays de la Loire). À l’inverse, d’autres régions (Corse, Auvergne-Rhône-Alpes et Provence-Alpes-Côte d’Azur), composées de territoires très hétérogènes (secteurs fortement urbanisés, grands espaces naturels), semblent encore peu affectées par ce phénomène malgré une baisse de la taille de maille observée.

Représentation de la taille effective de maille, par maille de 5×5 km en France, en 2018

La pollution lumineuse, induite par l’artificialisation des sols, perturbe de nombreuses espèces animales et végétales et gêne leurs déplacements. Chez les insectes, par exemple, la lumière artificielle est leur deuxième cause d’extinction après les pesticides. En 2023, 72 % de l’Hexagone sont encore exposés à un niveau élevé de pollution lumineuse au cœur de la nuit. Bien qu’important, ce chiffre est en baisse de 19 % par rapport à 2014. Cela s’explique en grande partie par une réglementation renforcée ces dernières années, mais aussi par les efforts d’économie d’énergie réalisés par la société et les citoyens depuis la crise énergétique de 2021. Cependant, certaines régions restent fortement touchées, en particulier le long du Rhône par exemple ou près des côtes. Dans les départements d’outre-mer, la situation est plus préoccupante : à l’exception de la Guyane, préservée grâce à la forêt amazonienne, la forte densité de population dans les îles entraîne un niveau de pollution lumineuse plus élevé que dans l’Hexagone.

Le changement climatique affecte également la biodiversité. L’acidification des océans qui en résulte menace notamment les récifs coralliens.

La pollution des milieux, notamment via l’utilisation et le rejet de molécules chimiques (métaux lourds, produits phytopharmaceutiques, plastiques et autres), affecte toute la chaîne alimentaire du vivant. Ainsi plus de 80 % des espèces d’oiseaux communs (64 suivis dans l’étude) sont moins abondantes dans les zones où les achats de pesticides sont plus élevés.

Parmi les autres facteurs d’érosion de la biodiversité figurent les espèces exotiques envahissantes qui ont une part de responsabilité dans 53 % des extinctions des espèces ultramarines.

Les actions en faveur de la biodiversité

Face aux pressions et menaces pesant sur les écosystèmes, de nombreuses initiatives sont engagées à tous les niveaux. Des mesures de protection ont ainsi été mises en place sous l’impulsion de stratégies de création d’aires protégées.

En mars 2025, la France métropolitaine compte 6 720 espaces protégés articulés autour de 17 outils de protection terrestre. Parmi ceux-ci figurent les protections fortes, telles que définies dans le Code de l’environnement, comprenant notamment les cœurs de parcs nationaux, les réserves naturelles et les arrêtés de protection (de biotope, de géotope ou d’habitats naturels), ainsi que les réserves biologiques. Au 1^er janvier 2025, ces dispositifs couvrent 8 806 km² (soit 0,95 % de l’emprise terrestre et maritime de l’Hexagone).

D’autres catégories de dispositifs de préservation complètent ces outils (protection conventionnelle comme les parcs naturels régionaux, actions de maîtrise foncière, réseau européen Natura 2000).

Évolution des surfaces terrestres et maritimes couvertes par certains types d’aires protégées entre le 1er janvier 1998 et le 31 décembre 2024, en surface (km²)

La situation de certaines espèces s’est améliorée grâce, entre autres, à la mise en place de plans nationaux d’action (PNA). En 2025, 76 PNA étaient en vigueur en France (57 en France métropolitaine et 19 en outre-mer) couvrant plus de 470 espèces (hors PNA pollinisateurs). C’est notamment le cas d’espèces semi-aquatiques, comme la loutre ou le castor d’Europe, qui occupaient 62 % du territoire métropolitain (hors Corse) en 2020, ou des oiseaux d’eau hivernants, dont les populations ont progressé de 135 % entre 1980 et 2025.

Emblématiques des interactions entre l’Homme et la nature, le loup gris, le lynx boréal et l’ours brun, 3 espèces protégées inscrites sur la Liste rouge nationale des espèces menacées (respectivement vulnérables, en danger et en danger critique) ont recolonisé certains massifs montagneux après avoir totalement disparu du territoire métropolitain. L’ours brun demeure toutefois l’espèce la plus vulnérable, avec 96 individus détectés au minimum dans le massif pyrénéen en 2024 (46 % uniquement en France). Cette reconquête engendre cependant des conflits avec le secteur du pastoralisme, et un système d’indemnisation des attaques de troupeaux a été instauré (environ 4 millions d’euros annuels d’indemnisation, dont au moins 1 million au titre des pertes indirectes). Le cadre réglementaire applicable au loup est en cours d’évolution avec le reclassement de l’espèce dans la directive Habitats-Faune-Flore du 17 juin 2025. Ce reclassement a pour effet de faire passer le loup d’espèce « strictement protégée » à espèce « protégée », ce qui augmente les possibilités de prélèvement sur la population tout en maintenant formellement une protection légale de l’espèce.

Chaque année, la protection de la biodiversité bénéficie de financements dédiés. En 2023, 3,8 milliards d’euros ont été consacrés à différentes actions, telles que la restauration de milieux naturels, la réintroduction d’espèces menacées ou la gestion d’espaces protégés. Ces moyens proviennent principalement de financements publics : l’État, les agences de l’eau et les collectivités locales en assurent 60 %, devant les entreprises (21 %) et les ménages et associations (13 %). L’Union européenne contribue également à hauteur de 6 %, notamment via le Fonds européen agricole pour le développement rural.

Depuis la crise sanitaire de 2020, les dépenses en faveur de la biodiversité ont globalement augmenté. En euros courants, elles ont bondi de 13 % en 2021, puis progressé de 6 % en 2022 et de 5 % en 2023. Hors inflation, la hausse reste positive mais plus modérée : + 12 % en 2021, + 3 % en 2022, et stable en 2023. Cette dynamique est largement soutenue par les financements publics, notamment dans le cadre du plan France Relance ou du Fonds vert. Certaines dépenses relevant d’autres domaines de la protection de l’environnement, comme la protection des sols et des eaux ou la gestion des déchets, contribuent également indirectement à la préservation de la biodiversité.

Évolution du financement des dépenses de protection de la biodiversité et des paysages, en millions d’euros courants

Une mobilisation citoyenne plus forte pour la biodiversité

La prise de conscience et la mobilisation de la société en faveur de la biodiversité progressent. Le nombre de citoyens s’engageant dans des programmes de sciences participatives sur la biodiversité a fortement augmenté, passant de 31 000 participants actifs en 2013 à près de 83 000 en 2024. L’objectif de ces programmes est notamment d’obtenir des données sur la nature et la biodiversité, de produire des outils de sensibilisation et d’éducation à la nature et de former une communauté pour mobiliser les citoyens autour d’enjeux liés à la biodiversité.

L’ensemble des acteurs de la société (élus, citoyens, associations, entreprises, etc.) peuvent être également sensibilisés à travers des actions plus mobilisatrices. Parmi elles, des atlas de biodiversité communale (ABC) sont constitués à partir d’un inventaire des milieux et des espèces présents sur un territoire donné. En janvier 2025, 612 projets d’ABC couvrant la période 2017-2024 ont été recensés dans 4 598 communes réparties sur toute la France.

Depuis septembre 2025, la France compte 1 961 aires éducatives terrestres et marines (dont 206 dans les territoires ultramarins). Mises en place en 2012 et restreintes à de petits territoires, ces aires sont gérées de manière participative par des élèves d’un établissement scolaire.

Données associées à l’article sous forme de tableaux et graphiques.

• Bilan environnemental 2025 – Fiche 19 : biodiversité – Données (xlsx, 122.5 Ko)

Aller plus loin

La biodiversité française en déclin 10 ans de chiffres-clés par l’Observatoire national de la biodiversité

Aller plus loin avec l’Observatoire national de la biodiversité

Milieux agricoles et enjeux environnementaux
– État des connaissances en 2025 pour la France

En France, les milieux agricoles font face à de nombreux enjeux environnementaux. Les surfaces cultivées diminuent, tandis que l’état des sols se détériore sous l’effet de l’érosion, de la baisse de la matière organique et de la pollution liés aux intrants chimiques. La biodiversité y est en fort déclin, notamment chez les oiseaux des champs. Les écosystèmes agricoles rendent des services essentiels comme la production de biomasse ou la régulation du climat, mais leur capacité à les fournir tend à stagner, voire à diminuer.

Des paysages agricoles de moins en moins favorables à la biodiversité

Depuis les années 1950, la surface agricole en France ne cesse de reculer, sous l’effet combiné de l’artificialisation des sols et de la déprise agricole. En 2024, la surface agricole utile (SAU) couvre 28,4 millions d’hectares, soit 52 % du territoire métropolitain (y compris la Corse), contre 63 % en 1950. Avec 68 % du territoire occupé par la SAU, le Grand Ouest (Bretagne, Pays de la Loire et Normandie) est la zone la plus agricole alors que l’arc méditerranéen présente le taux d’occupation agricole le plus bas.

En 2024, les prairies s’étendent sur près de 13 millions d’hectares, soit 45,6 % de la SAU. Après plusieurs années à la baisse avec une perte de 3,8 millions d’hectares entre 1950 et 2020, la superficie augmente légèrement d’environ 1,5 % entre 2020 et 2024. Cette hausse s’explique par la stabilisation des surfaces toujours en herbe et par l’augmentation des prairies artificielles et temporaires liée à une recherche accrue d’autonomie fourragère. La répartition des prairies reste néanmoins très contrastée selon les départements, en fonction du poids de l’élevage. Ainsi, les départements où la proportion de prairies dépasse 90 % de la SAU sont le Cantal, la Lozère et la Corse du Sud.

Évolution de la surface en prairie de 1950 à 2024, en milliers d’hectares

Le linéaire de haies en France a fortement reculé depuis le milieu du XX^e siècle, avec une perte estimée à environ 70 % depuis 1950. Cette disparition est étroitement liée aux mutations de l’agriculture (remembrement, mécanisation) et à l’urbanisation. Toutefois, certains territoires bocagers ont mieux résisté, notamment la Normandie, le nord de la Bretagne et le bocage mayennais.

L’érosion s’est poursuivie jusqu’à une période récente : entre 2017 et 2021, le linéaire a encore reculé d’environ 6 %. Néanmoins, le linéaire total semble se stabiliser depuis autour de 1,5 million de kilomètres (source : BD Haies), dans un contexte de mise en œuvre de politiques publiques visant des replantations avec un soutien financier des agriculteurs et collectivités. Au-delà de l’objectif de replantation (environ 7 000 km de haies par an dans le plan Haies), ces programmes mettent l’accent sur la qualité écologique des haies : diversité d’essences locales, gestion durable, création de corridors écologiques pour relier deux milieux naturels et assurer ainsi la continuité écologique.

La biodiversité souterraine, une ressource essentielle mais vulnérable

Les sols agricoles constituent un important réservoir de biodiversité. Ils abritent une multitude d’organismes vivants qui protègent le sol contre l’érosion et le tassement, améliorent sa fertilité et dégradent les contaminants. Selon les estimations, un hectare cultivé peut contenir jusqu’à 1,5 tonne de faune (vers de terre, insectes, etc.), 2,5 tonnes de bactéries et 3,5 tonnes de champignons microscopiques. Dans l’Hexagone*, les sols concentrent 261 vers de terre/m² en moyenne, avec de fortes variations selon les usages agricoles : 421 vers/m² dans les prairies, 223 vers/m² dans les cultures et seulement 163 vers/m² dans les vignes.

Cette abondance, essentielle à la fertilité des sols et au cycle du carbone, dépend étroitement des pratiques agricoles et du degré d’intensification. La biomasse microbienne associée varie ainsi entre 27 microgrammes d’ADN par gramme de sol (µg/g) dans les vignes et vergers, des milieux généralement davantage traités, à 81 µg/g dans les prairies.

L’équilibre de ces écosystèmes peut également être menacé par des espèces invasives. Parmi elles, le ver plat exotique Obama nungara s’attaque aux invertébrés du sol (vers de terre, escargots, limaces) et pourrait altérer la fertilité des sols. Il est désormais signalé dans plus de 70 départements de France métropolitaine.

Abondance lombricienne selon le type d’occupation du sol entre 2005 et 2015, en individus/m²

La population des oiseaux spécialistes des milieux agricoles diminue

Les oiseaux jouent un rôle clé dans les écosystèmes en participant à la régulation des populations d’insectes, à la dispersion des graines et au bon fonctionnement général des milieux naturels. Depuis 1989, l’indice STOC permet de suivre l’évolution des populations d’oiseaux communs, véritables indicateurs de l’état de la biodiversité. Parmi eux, les espèces spécialistes, plus sensibles aux perturbations environnementales, réagissent rapidement aux dégradations de leur habitat. Leur déclin signale des perturbations concrètes : diminution des ressources alimentaires, augmentation du dérangement ou raréfaction des sites de nidification.

Les oiseaux spécialistes des milieux agricoles subissent un déclin marqué, principalement en raison des pratiques agricoles intensives, de la perte d’habitats et des effets du changement climatique. En 35 ans, l’indice moyen des 24 espèces agricoles étudiées (Alouette des champs, Bruant ortolan, Pie-grièche écorcheur, Vanneau huppé, etc.) a chuté de 63 points. À l’inverse, l’indice des espèces dites généralistes a progressé de 6 points, traduisant un appauvrissement global au profit d’espèces plus opportunistes.

Face à ce déclin, le règlement européen sur la restauration de la nature (adopté le 24 juin 2024) fixe des objectifs contraignants pour inverser la tendance : restauration des habitats, réduction de l’usage des pesticides, évolution des pratiques agricoles. Pour la France, il prévoit une augmentation minimale de l’indice des oiseaux des milieux agricoles de 10 % entre 2025 et 2030, puis 20 % d’ici 2040 et 30 % d’ici 2050.

Évolution de l’abondance des populations d’oiseaux spécialistes des milieux agricoles, en indice base 100 en 1989

Les écosystèmes agricoles menacés par le changement climatique

Les écosystèmes agricoles désignent des milieux organisés ou fortement transformés par l’activité humaine afin de produire des ressources biologiques. Ils regroupent à la fois les zones dédiées à la production de ressources biologiques et celles dominées par une végétation herbacée, comme les prairies naturelles. En France métropolitaine, près des trois quarts de ces écosystèmes correspondent à des espaces fortement façonnés par les pratiques agricoles ou par l’influence humaine. Le quart restant correspond à des agroécosystèmes présentant une couverture importante de végétation naturelle, notamment les mosaïques agricoles mêlant parcelles cultivées et des espaces non cultivés comme les haies, bosquets, plans d’eau, ainsi que les prairies naturelles ou semi-naturelles.

Lorsqu’ils sont en bon état, ces écosystèmes rendent de nombreux services à l’économie et à la société. Ils contribuent notamment à la quasi-totalité de la croissance des plantes cultivées destinées à être récoltées. En moyenne triennale 2020-2022, seuls 2 % de la biomasse issue de l’agriculture en France métropolitaine proviennent d’écosystèmes urbains (cultures sous serre, jardins potagers). Les écosystèmes agricoles jouent également un rôle important dans la régulation du climat puisqu’ils stockent 1,3 milliard de tonnes de carbone principalement sous forme de carbone organique dans les sols, soit 41 % du carbone contenu dans l’ensemble des écosystèmes. Par ailleurs, au sein de ces écosystèmes, les prairies contribuent à l’élimination durable du carbone atmosphérique, à hauteur de 2 millions de tonnes par an, ce qui représente 6 % du carbone séquestré par les écosystèmes entre 2020 et 2022.

Cependant, les épisodes de sécheresse récents (2015, 2018-2020, 2022) ont réduit la capacité des écosystèmes agricoles à produire de la biomasse, avec une diminution de 13 % entre la moyenne triennale 2020-2022 et la moyenne 2012-2014. La baisse est plus forte pour les prairies (- 24 %), d’autant que les besoins en pâturage sont également moindres du fait de la réduction des cheptels. En revanche, sur la même période, le volume de carbone séquestré et le stock de carbone des écosystèmes agricoles demeurent relativement stables.

Données associées à l’article sous forme de tableaux et graphiques

• Bilan environnemental 2025 – Fiche 23 : milieux agricoles – Données (xlsx, 41.79 Ko)