Le premier guide d’utilisation de l’ADN environnemental (ADNe) en milieu marin est disponible. Il a été conçu pour accompagner tous les acteurs de la biodiversité marine dans la mise en œuvre des méthodes d’analyse de l’ADNe, de l’acquisition à l’interprétation des données. C’est une méthode récente et innovante, non invasive et facilement déployable sur le terrain. Elle permet de détecter et d’inventorier les espèces présentes dans un milieu aquatique à partir de simples prélèvements d’eau.
Comprendre l’ADNe
L’ADN environnemental, ou ADNe, est défini comme l’ADN pouvant être extrait à partir d’échantillons environnementaux sans nécessiter d’isoler, au préalable, les organismes ciblés. Ainsi, grâce à l’analyse de l’ADNe, les espèces présentes dans un milieu donné peuvent être détectées par prélèvement et identification des traces d’ADN qu’elles laissent dans leur environnement.
Depuis 2008, cette méthode novatrice a démontré son efficacité dans le domaine de la biologie de la conservation, notamment pour la réalisation d’inventaires et de suivis de la biodiversité.
En permettant, entre autres, l’étude de l’ensemble des règnes du vivant et la détection d’espèces clés (protégées, menacées, exotiques envahissantes, etc.), cryptiques ou invisibles à l’œil nu, elle s’intègre comme un outil complémentaire aux autres méthodes de recensement de la biodiversité marine (captures, recensements visuels, hydroacoustique).
Écologie de l’ADNe
La distance de détection et la durée de persistance de l’ADNe sont influencées par son écologie, c’est-à-dire par la composition, l’origine, le transport et la dégradation des molécules d’ADN dans l’environnement. En milieu marin, l’ADNe tend à être dilué dans des volumes importants et est donc, généralement, présent en très faibles quantités dans la colonne d’eau.
La détectabilité des espèces dépend de la probabilité de prélever leur ADN dans le milieu, de la préservation de cet ADN au cours du processus analytique et de l’absence de contamination des échantillons considérés. Ainsi, lorsque l’objectif de l’utilisateur est d’obtenir une liste d’espèces la plus exhaustive possible tout en limitant les risques de faux-négatifs et de faux-positifs, il est nécessaire de choisir des méthodes d’échantillonnage et d’analyse respectant les plus hauts niveaux de précaution possibles.
Les méthodes déployées dans le cadre de Vigilife, et présentées pas à pas dans ce guide, ont été développées en ce sens
L’ADNe émerge comme
une avancée révolutionnaire
révélant le monde sous-marin
sous une nouvelle lumière.
Les mers et océans ont beau couvrir la majorité de notre planète en surface (70%) et en volume de l’espace habitable (98%), ils n’en restent pas moins une grande étendue opaque en termes d’appréhension visuelle et de connaissances.
Ce mélange d’immensité et d’inconnu est à l’origine de bien des histoires et légendes mais aussi une invitation aux expéditions et découvertes captivantes. Malgré les contraintes (luminosité, pression), la vie s’y épanouit de manière surprenante … pourtant, nous commençons seulement à en effleurer sa diversité et sa compréhension.
Aujourd’hui, alors que les activités humaines et leurs conséquences n’ont jamais autant menacé la biodiversité marine, il devient impératif d’utiliser toutes les ressources à notre disposition pour comprendre, préserver et restaurer les écosystèmes marins. Quoi de mieux que d’utiliser la molécule de base du vivant pour étudier la biodiversité ?
Chaque nouvelle technologie apporte son lot de promesses et l’ADN environnemental (ADNe) émerge comme une avancée révolutionnaire révélant le monde sous-marin sous une nouvelle lumière. Pour autant, le but n’est pas de remplacer les méthodes traditionnelles (caméras, acoustique, etc.) mais bien de les compléter, d’apporter d’autres réponses pour se poser de nouvelles questions.
Face au double impératif de lutte contre le changement climatique et l’insécurité alimentaire, le vaste océan apparaît comme un acteur central et pourtant méconnu. Dans ce contexte, les attentes envers l’ADNe, outil qui apparaît encore mystérieux voire suspicieux pour certains, sont encore plus fortes.
Mais que peut-on réellement détecter avec l’ADNe ? Quelles sont ses limites ? Comment ça marche ? De quels matériels a-t-on besoin ? Autant de questions auxquelles ce guide souhaite apporter des réponses claires et documentées.
Ce guide d’utilisation de l’ADN environnemental en milieu marin se veut être une ressource accessible et opérationnelle pour tous celles et ceux qui aspirent à mieux connaître, surveiller, comprendre, restaurer et protéger nos mers et océans.
Il offre une vue d’ensemble illustrée et documentée de cette technologie innovante, de son fonctionnement et de ses applications pratiques. Grâce à cet outil, les chercheurs, les étudiants, les gestionnaires de la nature, les décideurs politiques et même les citoyens peuvent désormais explorer les mystères de l’océan avec une précision inégalée.
Né d’une collaboration entre entreprises, établissements publics et organismes de recherche académique, ce guide est aussi le reflet de la responsabilité partagée que nous avons envers notre environnement marin et de la nécessaire coopération à mettre en place entre tous les acteurs. En partageant nos connaissances et nos expertises, nous souhaitons œuvrer pour que la biodiversité marine continue d’inspirer et d’émerveiller les générations futures.
Ni l’un ni l’autre sommes des biologistes moléculaires, mais nous avons vu dans l’ADNe une autre façon de répondre à nos questions. Alors, pourquoi pas vous ?
Julie Deter, maîtresse de conférences associée à l’Université de Montpellier, UMR MARBEC et cheffe de projets R&D à Andromède Océanologie
David Mouillot, professeur à l’Université de Montpellier, UMR MARBEC
GUIDE D’UTILISATION DE L’ADNe EN MILIEU MARIN
Ce guide, proposé par l’alliance internationale Vigilife, est l’un des livrables du projet eREF, financé par
l’Agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse et porté par l’Université de Montpellier en partenariat avec les
entreprises Andromède Océanologie et SPYGEN.
